RでIntel Math Kernel Libraryを使う方法


Intel Math Kernel Library(以下MKL。フリーソフトウェアではないが無料)を使うようにRをビルドして高速化する方法です。R benchmarksで公開されているR benchmark 2.5なら,3倍くらい速くなります。こんな手間をかけなくても,Microsoft R Openを入れるだけで同じ効果を得られるのですが,「-O3 -march=native」でビルドしたら速いのかな?などと思う方のためのメモです。

https://software.intel.com/en-us/mklで「Free Download」をクリックします。サインアップあるいはサインインして,Intel Math Kernel Libraryをクリックすると,l_mkl_2018.1.163.tgzのようなファイルがダウンロードされます。

ダウンロードしたファイルのあるディレクトリで,以下を実行します。

tar zxf l_mkl_2018.1.163.tgz
cd l_mkl_2018.1.163
sed 's/ACCEPT_EULA=decline/ACCEPT_EULA=accept/' silent.cfg > s.cfg
sudo ./install.sh --silent ./s.cfg
cd ..

Rのソースをダウンロードし,展開します。

wget https://cloud.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.2.tar.gz
tar zxf R-3.4.2.tar.gz
cd R-3.4.2

ビルドに必要なパッケージを入れます。

sudo apt install r-base xorg-dev libcurl4-openssl-dev -y

MKLのための環境変数を設定します。

source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

MKL="-Wl,--no-as-needed -lmkl_gf_lp64 -Wl,--start-group -lmkl_gnu_thread  -lmkl_core  -Wl,--end-group -fopenmp  -ldl -lpthread -lm"

configure! (Anacondaをふつうに入れていると,システムのcurlが隠されているせいで失敗します。この作業の間だけのことなので,AnacondaをPATHからはずすか,$HOME/anaconda3の名前を変えておきましょう。)

CFLAGS="-O3 -march=native" CXXFLAGS="$CFLAGS" FFLAGS="$CFLAGS" FCFLAGS="$CFLAGS" ./configure --with-blas="$MKL" --with-lapack

ビルドします。

make -j $(nproc)

bin/Rで実行します。make installでインストールできますが,そこまでしなくてもいいでしょう。

参考:R でインテル® MKL を使用する

オールタイムベスト筆記具(更新中)


B000IGSMOM

万年筆

油性ボールペン
ローラーボール
サインペン
シャープペンシル

三色ボールペン情報活用術


メモ帳について書いたついでに、筆記具についても書いておきましょう。

多色ボールペンの世界が、ジェットストリーム4Cリフィルの登場によって大きく変わりました。単色ボールペンの世界にジェットストリームが登場して以来の衝撃です。

B000UTKMDQジェットストリームの書き味には文句がなくても、その軸のデザインには不満を持つ人が多かったはずです。そのリフィルを他社製の軸で使う方法を求めて、さまざまな試行錯誤がなされてきました(例:なんでもJetstream化プロジェクト)。しかし、4Cリフィルが登場したことで、多くの人がその探求の旅を終えられるはずです。4Cリフィルなら、LAMY 2000 4色ボールペンステッドラー アバンギャルドなど、デザインに定評のある多くの軸で使えるからです。

4047041351多色ボールペンと言えば、何年か前に『三色ボールペン情報活用術』というのがはやったのですが、そこで紹介された使い方は、私には無理でした。

私は本を読むときにもずっと三色方式を実践しているので、あとで読み返したら印象が違った、ということがほとんどない。三色に振り分けてマークしてあるところを見返して、ヘンな引き方をしていたと思うことはほぼない。新たな関心事ができて、ここにも緑色を引きたいというところはあるが、それ以外は変わらない。常に、この本を今以上真剣に読む機会はもうない、そう考えながらやっているからだ。(p.68)

4022643854「俺には無理だわー」という印象がかつてと変わらないという意味ではあたっているのですが、本はあとで読み返すと思って読んだ方がおもしろいんじゃないかと思います。大江健三郎さんも『小説の経験』でこう言っていました。

本を読む際には、赤線を引き、また黒い鉛筆で書き込みをすることを私は若い人たちにすすめてみたいと思います。(中略)はじめに読んだ際と再読する際の間の、時の経過のなかで自分が、どのように変化し成熟したかということを実感してもいただきたい(p.66)

ジェットストリームのパーカー互換リフィルが出たら、筆記具についての考え方がまた少し変わるのではないかと思います(追記:リフィルアダプターが出ました)。4Cリフィルの緑も待っています。

オールタイムベスト筆記具

理想のメモ帳を求めて(コクヨ 測量野帳)


Windowsに標準搭載されている「メモ帳」は、Notepad2をインストールして置き換えればいいとして・・・

いわゆるアナログのメモ帳遍歴には、コクヨの測量野帳に出会ったことで一応終止符を打ちました。

4777942589

その良さはすでにいろんなところで語られています。

勢い余ってオリジナル野帳も作ってしまいましたが、結婚式のプチギフトで配ってしまったので手元には1冊も残っていません。

矢吹研オリジナル野帳

Amazonでももちろん買えますが(1冊の値段ではないことに注意?)、一部のコンビニでも手に入るようになってご機嫌です(参考:ミニストップで野帳が売っている件について)。

考える鉛筆


4757220537「一方、ソ連は鉛筆を使った」というジョークもあるくらい、心強い筆記具の筆頭である鉛筆。その「今」について、削り方、握り方、軸の断面形状、敷き台、書く対象(原稿用紙へのこだわりはもちろん、紙ナプキンやティッシュも)など、考えるための材料をたくさん詰め込んだ一冊、小日向京さんの『考える鉛筆』パーフェクトペンシル伯爵コレクションが、あとで必ず「ああ買ってよかった」と実感するものだ(p. 85)などと言われると、さて。

4794961421鉛筆の「歴史」ならヘンリー ペトロスキー『鉛筆と人間』(晶文社, 1993)でしょうか。

オールタイムベスト筆記具